Несмотря на то, что активные фармацевтические субстанции (АФС) в наибольшей степени определяют фармакологическое действие лекарственных препаратов, процессы их производства значительно отличаются от процессов получения готовых лекарственных форм. Другим важным отличием АФС является то, что они не применяются непосредственно для лечения пациентов и их действие всегда опосредованно. Соответственно, в требованиях GMP, направленных на обеспечение эффективности процессов и качества лекарственных средств, учитываются и отражаются эти различия, что выражается в их изложении в отдельной главе Правил GMP. В то же время сопоставление разных глав (I и II) показывает многие общие или схожие положения и требования.
Поэтому при производстве лекарственных средств, особенно там, где присутствует и производство АФС, и производство готовых лекарственных препаратов следует четко различать эти требования, не допуская путаницы. Это важно не только с формальной точки зрения, но и для осуществления процессов производства АФС, их улучшения, соответствия нормативным требованиям, надлежащего выполнения мероприятий в рамках фармацевтической системы качества.